D小队成功的开启共鸣器,但共鸣器并没有成功绘制出整个地底通道的地图,当他们无功而返,准备返回联盟总部时,他们发现了一份兽族地底通道的地图,然而其内容并不完整,为了取得完整地图,他们决定到此地图的信号来源,东栅军校,马可斯的老家。之后他们所搭乘的直升机迫降在城市中,他们在马可斯父亲位于东栅军校秘密实验室中的电脑中,发现了一张完整的地图,这张地图显示了整个兽族的通道以蜂窝式的结构蔓延了整个星球的地壳,并且比任何人预期的还要大,D小队于是下载这份地图并打算用此作为发射光子导弹时所需的地图。同时,装了8颗光子炸弹的火车出发,但不幸地,兽族成功地抢下火车,把车上所有的军人丢下火车,D小队只能从火车即将路过的车站跳上车。D小队开车尽快赶到城市中的车站,马可斯与多姆接着跳上了载着光子炸弹的火车,而巴德和柯尔则没有赶上。马可斯和多姆最后杀死占据光子列车的兽族兰姆大将军,成功的引发了光子导弹,摧毁了兽族的通道网络。游戏最终部分,由霍夫曼上校发表胜利的演说表示兽族的通道已经崩塌,战争也近于结束;同时兽族女王最后发言,发誓兽族仍然会持续发动攻击。一个是拜访了曼达洛女军械师,表示要通过浸泡曼达洛星上的矿井活水,为自己赎罪。所谓的“罪”,便是丁·贾林在第二季最后主动脱下头盔的举动。第二件是想让老朋友卡加帮忙,恢复机器人IG-11的“生命”,以便辅助自己到曼达洛星上的行动。至于第三件事,则是找到曼达洛公主求助,丁·贾林本打算加入她的复国大业,没成想她已经失去声望,而手持“黑剑”的丁·贾林,却可以召唤曼达洛同胞。
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