影片的故事聚焦于一位医生妈妈和她9岁的儿子。他们希望找到新的生活。于是,当他们得知在新奥尔良有一栋自己能负担得起的房子的时候,他们毫不犹豫就抓住了这个机会。不过,他们不知道的是,在这栋房子里,有着不为人知的居民。随后,他们发现这栋房子闹鬼,于是他们找来了科学家来解决问题。有别于以往的作品,此次《忍者神龟:变种大乱斗》将视角聚焦于忍者神龟的少年时期,通过色彩绚丽、笔触粗犷的涂鸦画风,以及大量时尚潮流元素的融入,影片旨在展现少年神龟身上时刻释放的青春活力,利用那股“初生牛犊不怕虎”的自信,“打破偏见不屈服”的勇敢,还有“受尽质疑不放弃”的纯真去感染人心。对此,影片编剧之一塞斯·罗根解释道:“这部电影本身充满了青少年的活力,这就意味着你不会停留在条条框框之内,而会在热爱的地方更进一步,并在其中大胆发挥以留下深刻的印象。”